Com o crescimento, que se tem revelado nos últimos 10 anos sempre progressivo, do número de investigadores e de áreas de investigação, o CLEPUL tem tido a preocupação de realizar periodicamente restruturações do seu organigrama funcional de modo a adequá-lo à dinâmica presente do Centro e tornar mais eficiente a operacionalização do trabalho de investigação e a sua coordenação mais eficaz em ordem a uma cada vez maior otimização dos recursos e o aumento quantitativo e qualitativo dos resultados. 

Desta forma, atualmente o CLEPUL organiza aquela que é a sua coluna vertebral do trabalho de pesquisa em 8 Grupos de Investigação, aos quais estão ligados 5 Polos espalhados por diferentes universidades portuguesas e estrangeiras. 

De forma articulada com a direção do Centro e ligados transversalmente a diferentes grupos de investigação do Centro, o CLEPUL tem fomentado a criação de Gabinetes de pesquisa, boa parte deles da iniciativa de jovens investigadores em fase de formação avançada. Estes Gabinetes constituem-se com uma espécie de incubadoras de projetos de investigação que pretendem potenciar áreas específicas de pesquisa com capacidade para virem a tornar-se a médio prazo em Grupos de Investigação. 

A direção do CLEPUL em cooperação com a Comissão Coordenadora constituída pelo coordenadores científicos dos grupos de investigação tem promovido ainda a criação de Laboratórios específicos para dar apoio especializado ao trabalho fundamental de criação de bases de dados multimédia que estão a ser produzidas como resultados dos diferentes projetos em curso, os quais preveem, na maioria dos casos, a disponibilização na internet de produtos digitais (ebooks, repertórios, roteiros, bases de dados, revistas digitais, audiolivros, documentários científicos, arquivos digitais, dicionários digitais, etc.).

A investigação do CLEPUL também é enriquecida e complementada pelos Projetos Autónomos da iniciativa individual de investigadores que conquistam financiamentos em instituições públicas e privadas nacionais e estrangeiras, quer no quadro do Centro especificamente, quer associando a Grupos de Investigação tornando o Centro como parceiro. 


Os Grupos de Investigação (GI) e os seus respetivos Polos associados são os seguintes:


Grupo 1 - Literatura e Cultura Portuguesas

Grupo 2 - Culturas e Literaturas Africanas de Língua Portuguesa
                 Polo associado: Estudos Africanos (Universidade Católica de Angola em Benguela)

Grupo 3 - Multiculturalismo e Lusofonia
                 Polo associado: Da Latinidade ao Multiculturalismo (Universidade da Madeira)

Grupo 4 - Literatura e Cultura em InterArtes
                 Polo associado: Artes e Ciências (Universidade Fernando Pessoa - Porto)

Grupo 5 - Interculturalidade Ibero-Eslava
                Polo associado: Estudos Lusófonos e Europeus (Universidade do Algarve)

Grupo 6 - Brasil-Portugal: Cultura, Literatura e Memória
                 Polo associado: História, Cultura e Educação (Universidade Federal de Sergipe)

Grupo 7 - Metamorfoses da Herança Cultural
                 Polo associado: Mundos em Rede: Política, Comunicação e Cultura (Universidade Aberta)

Grupo 8 – Grupo de Investigação de Tradições Populares Portuguesas Professor Manuel Viegas Guerreiro