Com o crescimento, que se tem revelado nos últimos 10 anos sempre progressivo, do número de investigadores e de áreas de investigação, o CLEPUL tem tido a preocupação de realizar periodicamente restruturações do seu organigrama funcional de modo a adequá-lo à dinâmica presente do Centro e tornar mais eficiente a operacionalização do trabalho de investigação e a sua coordenação mais eficaz em ordem a uma cada vez maior otimização dos recursos e o aumento quantitativo e qualitativo dos resultados. 

Desta forma, atualmente o CLEPUL organiza aquela que é a sua coluna vertebral do trabalho de pesquisa em 8 Grupos de Investigação, aos quais estão ligados 5 Polos espalhados por diferentes universidades portuguesas e estrangeiras. 

De forma articulada com a direção do Centro e ligados transversalmente a diferentes grupos de investigação do Centro, o CLEPUL tem fomentado a criação de Gabinetes de pesquisa, boa parte deles da iniciativa de jovens investigadores em fase de formação avançada. Estes Gabinetes constituem-se com uma espécie de incubadoras de projetos de investigação que pretendem potenciar áreas específicas de pesquisa com capacidade para virem a tornar-se a médio prazo em Grupos de Investigação. 

A direção do CLEPUL em cooperação com a Comissão Coordenadora constituída pelo coordenadores científicos dos grupos de investigação tem promovido ainda a criação de Laboratórios específicos para dar apoio especializado ao trabalho fundamental de criação de bases de dados multimédia que estão a ser produzidas como resultados dos diferentes projetos em curso, os quais preveem, na maioria dos casos, a disponibilização na internet de produtos digitais (ebooks, repertórios, roteiros, bases de dados, revistas digitais, audiolivros, documentários científicos, arquivos digitais, dicionários digitais, etc.).

A investigação do CLEPUL também é enriquecida e complementada pelos Projetos Autónomos da iniciativa individual de investigadores que conquistam financiamentos em instituições públicas e privadas nacionais e estrangeiras, quer no quadro do Centro especificamente, quer associando a Grupos de Investigação tornando o Centro como parceiro. 

Os Grupos de Investigação (GI) e os seus respetivos Polos associados são os seguintes:

Grupo 1: Literatura e Cultura Portuguesas

Grupo 2: Culturas e Literaturas Africanas de Língua Portuguesa
              Polo associado: Estudos Africanos (Universidade Católica de Angola em Benguela)

Grupo 3: Multiculturalismo e Lusofonia
              Polo associado: Da Latinidade ao Multiculturalismo (Universidade da Madeira)

Grupo 4: Literatura e Cultura em InterArtes
              Polo associado: Artes e Ciências (Universidade Fernando Pessoa - Porto)

Grupo 5: Interculturalidade Ibero-Eslava

             
Grupo 6: Brasil-Portugal: Cultura, Literatura e Memória
              Polo associado: História, Cultura e Educação (Universidade Federal de Sergipe)

Grupo 7: Metamorfoses da Herança Cultural
              Polo associado: Mundos em Rede: Política, Comunicação e Cultura (Universidade Aberta)

Grupo 8: Grupo de Investigação de Tradições Populares Portuguesas Professor Manuel Viegas Guerreiro