Os Polos do CLEPUL, liderados por um coordenador, constituem-se como núcleos de pesquisa com uma certa autonomia. Os Polos agregam um grupo alargado de investigadores ligados a um círculo de investigação com uma identidade científica própria.

Os Polos resultaram da integração de antigos centros de investigação de pequena ou média dimensão no CLEPUL, ou então erigiram-se no contexto do desenvolvimento de núcleos de pesquisa enquadrados em determinadas universidades que agregam um número significativo de investigadores e projetos próprios, configurando uma determinada identidade científica e institucional.

Cada Polo encontra-se associado a um Grupo de Investigação, tendo em conta a sua linha científica predominante:

Estudos Africanos (Universidade Católica de Angola em Benguela), associado ao Grupo 2

Da Latinidade ao Multiculturalismo (Universidade da Madeira), associado ao Grupo 3

Artes e Ciências (Universidade Fernando Pessoa - Porto), associado ao Grupo 4

História, Cultura e Educação (Universidade Federal de Sergipe), associado ao Grupo 6

Mundos em Rede: Política, Comunicação e Cultura (Universidade Aberta), associado ao Grupo 7